毛泽东一生酷爱读史、治史和用史，对中国古代史、中国近现代史、中共党史进行了深入研究，对于世界史也有所涉猎，从而确立了历史研究的基本方法，对于20世纪中国史学的发展产生了深远影响。
唯物史观的阐释和确立
在中国史学史上，历史唯心主义在社会历史领域曾经长期居于统治地位。历史唯心主义把社会现象及其历史发展的终极原因归结为精神因素，把历史人物的思想动机和某些杰出人物的主观意志视为人类历史发展的根本原因，而否认历史发展的客观规律，否认人民群众对于历史发展的决定性作用。
毛泽东对于20世纪中国史学发展的重要贡献，就是确立了唯物史观在历史研究中的地位。他明确表示，“我们是唯物史观论者”，强调用历史唯物主义观点去分析、看待历史问题。
在毛泽东看来，历史的主体是人民群众，历史活动是人民自己的事业，人民书写了人类历史。“人民，只有人民，才是创造世界历史的动力”，这是对人民群众在历史发展、社会变革过程中作用的充分肯定。人民群众历史主体地位的确立，奠定了中国史学方法的基础，推动了马克思主义史学的发展。
历史事件的发生，有其客观社会历史条件，考察历史事件要从社会历史条件出发，不可主观臆断。毛泽东指出：“凡属一种运动发生，不是无缘无故的，必有客观的条件。”结合社会历史条件进行分析，才能准确认识历史，客观评价历史。在论及中共党史研究方法时，毛泽东主张“古今中外法”，即“弄清楚所研究的问题发生的一定的时间和一定的空间，把问题当作一定历史条件下的历史过程去研究”。
现实由历史发展而来，研究历史的重要旨趣在于探寻历史规律，总结历史经验，以指导现实实践。毛泽东明确指出：“今天的中国是历史的中国的一个发展；我们是马克思主义的历史主义者，我们不应当割断历史。”历史的发展具有继承性、连续性，结合历史才能把握现实。正因为如此，毛泽东在党的六届六中全会上，号召一切有相当研究能力的共产党员，“都要研究我们民族的历史，都要研究当前运动的情况和趋势”，“没有历史知识，没有对于实际运动的深刻的了解，要取得胜利是不可能的”。《中国革命和中国共产党》《中国通史简编》等史学著作就是在这一背景下编撰而成。
历史辩证法的推崇和运用
历史的发生发展是多重因素综合作用的结果，研究和评价历史要坚持辩证法，不能简单化、一刀切。毛泽东明确表示：“我们是马克思主义者，是讲历史辩证法的。”历史辩证法是哲学方法在历史研究中的运用。
对于中国传统文化，毛泽东既非一味肯定，也非一味否定，而是主张批判继承，“剔除其封建性的糟粕，吸收其民主性的精华”。
毛泽东在评价历史人物时，注意一分为二，富有辩证精神。对于孔子，一方面称其为“封建社会的圣人”，对名与事、文与质、言与行关系的说明包含部分真理，全部否定是非历史的看法；另一方面认为孔子的道德论有错误，应给以唯物论的观察，加以更多的批判。对于陈独秀，毛泽东一方面认为犯了严重错误，有些很不正确的言论；另一方面认为陈独秀是五四运动时期的总司令，整个运动实际上是他领导的，“应该承认他对中国共产党和中国人民是有功劳的”。这种对于中国古代、近现代历史人物的评价，充满辩证法。
毛泽东在评价历史事件时，同样蕴含辩证法的智慧。在毛泽东看来，辛亥革命推翻了清朝的统治，结束了两千多年的封建帝制，建立了中华民国和临时革命政府，并制定了《临时约法》，具有“伟大的历史意义”。但是，“辛亥革命没有成功，失败了”。失败的原因在于孙中山的领导集团犯了错误，当时向袁世凯妥协是不对的。对党的六届四中全会到遵义会议这一段时期的历史，毛泽东强调“不要一切否定”，“如果把过去一切都否定，那就是一种偏向。我们对问题要分析，不要笼统地一概否定”。这种对于历史事件、历史时期的客观评价，彰显了历史辩证法的方法论魅力。
如何看待历史发展过程中的成功和失败，同样涉及历史研究方法问题。毛泽东认为，要认识事物发展的客观规律，必须进行实践，而且必须经过胜利和失败的比较；只看见胜利，没有看见失败，要认识规律是不行的。这种对于胜利和失败关系的阐释，包含对失败价值的肯定，是历史辩证法的体现。
历史调查方法的实践与确立
历史研究需要搜集各方面的文献资料和实物，需要回到历史的现场去感受历史、触摸历史。毛泽东十分重视调查研究，并将这一工作方法运用到历史研究之中。
在大革命时期，毛泽东就强调乡村社会调查的重要性，并在其主持的第六届广州农民运动讲习所开设了调查研究的课程，形成了《湖南农民运动考察报告》；在开拓赣南闽西苏区的过程中，毛泽东进行了大量农村调查，形成了《寻乌调查》与《兴国调查》等具有代表性的调查文本。延安时期，毛泽东详细整理自己撰写的农村调查文本，编纂了《农村调查》一书。毛泽东对于中国农村社会所作的系列调查，既是关于中国农村社会的现实研究，也是关于中国农村社会的历史研究，并为学术界研究中国农村社会提供了重要材料。
鉴于对中国历史、中国社会研究不足的状况，1941年8月，毛泽东为中共中央起草《关于调查研究的决定》，要求采取具体办法，加强对于历史、对于环境的调查与研究，“中央设置调查研究机关，收集国内外政治、军事、经济、文化及社会阶级关系各方面材料，加以研究”。不仅如此，还要求各中央局、中央分局、独立区域的区党委或省委，八路军、新四军的高级机关，各根据地高级政府，均须设置调查研究机关，收集各方面材料。毛泽东指出：“现在我们党的中央做了决定，号召我们的同志学会应用马克思列宁主义的立场、观点和方法，认真地研究中国的历史，研究中国的经济、政治、军事和文化，对每一问题要根据详细的材料加以具体的分析，然后引出理论性的结论来。”这种历史研究，是建立在广泛收集各方面材料基础之上的，是基于历史调查的历史研究。
对于历史调查，毛泽东主张先分析后综合，分析之中也要有小的综合。在谈到研究中国社会的方法时，毛泽东要求先“把它分成政治的、经济的、文化的、军事的四个部分来研究”，在此基础上进行综合，“得出中国革命的结论”。
百家争鸣方针的倡导与践行
百家争鸣的方针，首先是就历史研究提出来的。1953年10月， 中国科学院决定出版《历史研究》杂志，向毛泽东请示办刊方针，毛泽东提出“百家争鸣”，并在1956年中央政治局扩大会议上确立为指导我国学术发展的基本方针。“百家争鸣”就其实质而言，也是一种学术研究的方法。
毛泽东既是百家争鸣方针的倡导者，也是百家争鸣方针的践行者。1958年7月，毛泽东复信周谷城，婉言谢绝为其新著作序的请求，谦称“对逻辑无多研究，不敢有所论列”。尽管这里所指是关于形式逻辑与辩证法的争论，但体现了毛泽东对学术争论的态度。1965年7月23日，《光明日报》发表了高二适的《〈兰亭序〉的真伪驳议》一文，对郭沫若的观点提出不同意见。毛泽东读了高文之后指出，“争论是应该有的”，并致信郭沫若，认为“笔墨官司，有比无好”。
正是在百家争鸣方针指导下，20世纪五六十年代，我国历史学界围绕中国奴隶制和封建制的分期、中国封建社会的发展、中国近代史分期、农民战争、封建土地所有制的形式、汉民族的形成、中国资本主义萌芽和资本主义发展、历史人物评价、马克思主义的历史主义和阶级观点、历史上的爱国主义、历史发展的动力等问题，展开了热烈讨论，通过讨论使历史研究走向深入。
毛泽东确立的唯物史观、历史辩证法、历史调查、百家争鸣等历史研究方法，不仅推动了20世纪中国史学的发展，对于新时代的历史研究仍然具有指导意义。
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