第一次绿色革命在哪些方面过头了呢?那就是在粮食产量提高的同时，环境受到了极大危害，人类健康问题越来越多。今后几十年间，世界人口将从60亿增至90亿，这样，第一次绿色革命的成果，就难以继续满足庞大人口对食物和生态环境的需求。鉴于此，联合国粮农组织呼吁发起第二次绿色革命，既满足人口对食物的需求，又保护好人类赖以生存的自然资源和生态环境。
那么，第二次绿色革命以什么为武器呢?要在可耕地和淡水资源日趋紧张的前提下，既要克服化肥和杀虫剂对环境和健康的不利影响，又要考虑气候变化对作物生长的可能危害，还要实现粮食增产，这些“苛刻条件”无疑对第二次绿色革命提出了更大的挑战。为破解这个难题，有人首先想到了转基因技术，试图通过挖掘基因资源，转移有效基因，促进粮食增产。利用转基因技术改良作物，这一高科技被媒体称为新绿色革命的“最大亮点”。
现在，科学家可将任何异种基因移入作物中，创造出全新的品种，并使新品种更新时间缩短到传统育种的一半。美国杜邦公司和孟山都(Monsanto)公司、欧洲诺瓦提斯(Novartis)公司等，投入巨资参与转基因技术的研发。美国先锋公司更将玉米的8万个基因序列破译了75%;孟山都公司则试图识别控制其它基因的15%基因，以掌握操纵基因的主要工具。
在人口最多的中国，转基因声音也一浪高过一浪。引进动植物基因，特别是外源基因来提高作物产量，引起了业内人士的青睐。于是，转基因抗虫棉、转基因抗黄矮病冬小麦、转基因抗白叶枯病水稻、转基因抗除草剂水稻、转基因抗青枯病马铃薯、转基因玉米新品种等;超级猪，优种牛、羊、猪胚胎分割、移植与性别控制及产业化;基因工程疫苗，生物反应器等等，纷纷列入了国家优先发展的计划日程。
目前，中国科学家已对100多种作物、蔬菜、饲养动物进行了200多种“基因”手术，尤其将主粮水稻、小麦，甚至中草药也要搞转基因，这在全球是史无前例的。在欧盟、澳洲、加拿大、新西兰、俄罗斯、印度、日本、韩国乃至非洲等国家和地区对转基因关门的时候，我们却大搞转基因“大跃进”，其中的生态环境与健康风险不能不令人担忧。
从目前的动向中我们不难看出：中国科学家眼里的第二次绿色革命，依旧是围绕着传统的粮食产量。也就是说，他们希冀的绿色革命，主要是来自分子生物学的贡献。实际上，转基因农业是在第一次绿色革命基础上，继续对种子做文章，忽视了生态平衡与土壤改良。更糟糕的是，转基因农业是高度垄断的行业，是在化学农业基础上的更加明显的“懒人农业”，是将种子、肥料、除草剂捆绑销售的。如果沿着转基因道路继续前行，不仅无法消除第一次绿色革命的负面影响，反而将问题更加复杂化了，是雪上加霜的做法。试分析如下：
第一，转基因作物不能增产。影响产量的因素非常多，几乎不可能有哪种作物因为某个基因的改变而表现出非常明显的产量提升。产量性状是由众多基因控制的，很难找到能够增产的基因。如要增加，必须满足作为需求的各方面要素，提高水分、养分利用效率。以肥料利用为例，植物必需的矿质元素至少14种，NPK是最常见的，还没有发现哪个基因能明显的调控N或者P或者K的利用效率，都是多基因协作的。微生物固氮研究进行了大半个世纪，但是目前还没有彻底搞清楚豆科和固氮菌的共生互作关系。而且就目前的研究来看，植物产量性状并不是个别基因调控的，是一串基因相互作用共同影响某性状。这类性状以人类目前的基因技术手段还没有办法。
第二，转基因农业继续使用大量化肥与农药。目前应用最成功的转基因技术，是将“农药厂”转移到植物细胞中去的，是让植物对草甘膦等除草剂具备抵抗能力的——在高浓度下草甘膦除草剂下，杂草死了，他们的转基因作物还活着。在转基因农业模式下，农田还要继续喷洒农药，还有继续使用化肥。转基因作物种植使美国农业农药施用量，从1996年到2008年增加了3.83亿磅，2008年施用量比2007年增加了46%。自2006年以来，美国三大转基因作物玉米、大豆和棉花农药需用量，都持续上升，且已大大超过天然作物的农药需用量。转基因玉米施用农药2.27磅/英亩，而天然玉米2.02磅/英亩;转基因大豆1.65磅/英亩，天然大豆0.49磅/英亩;转基因棉花2.72磅/英亩，而天然棉花2.07磅/英亩。这些数据说明，转基因公司声称的其技术有利于环境保护是个“美丽的谎言”。
转基因农业造成除草剂使用量大增。在美国爱荷华州，随着多重除草剂抗性的发展，89%的杂草能够抵御两种或更多的除草剂，25%对3种除草剂有抗性，还有10%能够对抗5种不同的除草剂。在转基因农业模式下，人们需要使用更多除草剂，使用频率也更高。对于种植在美国南部的棉花而言，除草剂投入从几年前的每公顷50~75美元，攀升到现在的每公顷370美元，导致农民大量弃种棉花。在过去数年中，阿肯色州棉花种植下降了70%;田纳西州则下降了60%。而伊利诺伊州的大豆成本也从25美元/公顷跃至160美元/公顷。
第三，转基因对土壤微生物和土壤动物产生不利影响。土壤的健康有赖于土壤中有益的有机物即微生物和动物的共生，其中包括有：放线菌、真菌、根菌、食菌细胞、原生动物和蚯蚓等的平衡生长。有益微生物除了是预防土壤与植物病虫害的主要成员外，对植物的营养、腐植土的生产、上层土的保护有着重要的作用。转基因技术使得原本不带毒的植物变成“带毒”，其根系分泌物对土壤微生物和土壤动物的影响必须引起高度重视。放线菌在土壤中的作用是分解纤维素和腐殖土、矿化土壤及防止营养流失。放线菌的减少，会导致土壤营养消失和植物感染发病率的增加。
第四，转基因食物易形成营养空洞，导致隐形饥饿。植物的营养与投入到农业的优质劳动力成正比，与投入的化学物质与机械能成反比。第一次绿色革命已经造成了食物营养成分的改变，转基因因为是沿着化肥农药路线继续前行的，甚至改变了种子习性，其成分会发生变化，根本不是什么“实质性等同”。转基因大豆与传统大豆中脂肪酸和氨基酸的差异显著，甘氨酸、棕榈酸、油酸和亚油酸的含量比3种传统大豆高24%-268%，而脯氨酸、天冬氨酸、酪氨酸和谷氨酸的含量比传统大豆降低了15%-62%。对于营养成分，转基因大豆中粗蛋白含量比传统大豆高8.9%-40%，而α-维生素E和γ-维生素E比传统大豆降低了12%-64%。对于抗营养成分，单宁比传统大豆降低了32%-51%，而棉籽糖的含量比传统大豆高63%-197%。对抗稻瘟病转基因水稻，酪氨酸、甘氨酸、α-维生素E、Se、Mo和V的含量下降了20%-57%，而亚油酸、棕榈酸、K和Fe的含量增加了21%-38%。对于抗纹枯病转基因水稻，甘氨酸、棕榈酸、粗蛋白和Mg含量降低了21%-50%，而酪氨酸、α-维生素E、Fe、Cu和K含量增加了25%-49%。而对于抗虫转基因水稻，丙氨酸、甘氨酸、酪氨酸、维生素B3、Fe、Cu、Co和Ni含量下降了34%-74%，而亚油酸、棕榈酸和Ca的含量增加了19%-27%。科学数据有力地表明表明，转基因作物已造成某些营养成分发生了非预期性变化。
印度科研人员发现：在维达婆地区，非转基因棉花的土壤与种植转基因棉花土壤比较，在种植转基因棉花的土壤中的放线菌锐减17%以及其他有益的细菌也锐减14%。土壤微生物被苏云金杆菌(Bacillusthuringiensis，Bt) 杀虫剂成分的严重破坏。另外，在种植转基因作物的土壤中，一些生物活性酶也同时锐减，有研究发现脱氢酶下降10.3%，固氮酶下降22.6%，磷酸酶下降26.6%。土壤中的酶对土壤新陈代谢有着重要作用，植物的营养有赖酶在土壤中的作用，当生物酶减少时，会导致植物营养不良、发育不健全或死亡。如这样下去，印度6 70万公顷种Bt转基因棉花的农地将会完全被破坏，未来将很难生产其它农作物。
第五，转基因将健康隐患在第一次绿色革命基础上继续恶化。转基因作物的具有的潜在毒性被生物技术公司刻意隐瞒了，他们要求转基因作物的毒理实验不能超过90天，在这短短的生长期内可能毒性不显，而如果将实验延长就发现问题。法国凯恩大学塞拉利尼(Séralini)教授团队用老鼠进行了2年的实验表明发现：试验进行到第14个月时，对照组的实验鼠没有一例发现患癌，而在被喂食含有NK603和草甘膦除草剂饲料的组别中，有10%到30%的实验鼠患上了肿瘤。试验进行到第24个月，在所有喂食含有NK603和草甘膦除草剂饲料的组别中，50%到80%的实验鼠长了肿瘤，而且平均每只长的肿瘤多达3个。由此可以判断，食用含有除草剂的食物，可导致人类疾病。此外，转基因作物可能含有致癌物质，例如：Bt茄子是一种含有致癌的苏云金杆菌杀虫剂的转基因茄子中的Bt蛋白，约含16-17mg/Kg。某生物技术公司的RR黄豆是在所有转基因农产品中含除草剂残余物最多的作物，严重影响人类与畜牲健康。
转基因这项试图替代第一次绿色革命的技术自从一开始就争议巨大，争议双方唇枪舌剑，然而遗憾的是，由于资本从中主导了舆论方向，双方至今谁也说服不了谁，真相一直被掩盖中。实际上，美国人进行了近20年的转基因农业实践，转基因大豆等食品堂而皇之地进入餐桌。其结果是什么呢?是美国母乳、送检人员尿液中出现了草甘膦，是除草剂用量大大超过了非转作物，是造成了“超级害虫”、“超级杂草”出现，是美国肥胖人群持续增加，加上心脏病、癌症的增加。如果有人说，转基因至少没有一例有害证据，那么你如何解释转基因技术推广后，人类的各种疾病尤其癌症数量大幅度提高?对于转基因的安全性问题，需要好好研究，人类要不要这样的技术，这样为一种少数利益集团服务而牺牲生态环境和人体健康的技术?
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